2001年，九龙江流域综合整治列入省政府为民办实事项目。漳平有9户规模养殖场被列为省重点整治对象，建沼气池3450立方米。同年12月，市政府把九龙江干流两岸1000米、支流500米或沿岸第一重山面江山坡范围内划为养殖场禁建区；把九龙江干流两岸150米、支流100米范围内，以及生活饮用水水源保护区、风景名胜区、自然保护区的核心区和缓冲区划为重点养殖场禁建区。2003-2004年，列人龙岩市第一批九龙江流域综合整治项目，治理规模养殖场106户，搬迁养殖场16户，建沼气池13230立方米。2004-2005年，列入龙岩市第二批九龙江流域综合整治项目，治理规模养殖场178户，搬迁6户，建沼气池24020立方米。2005年1月26日，漳平市通过省级生态农业试点县验收。